IKM Unud pertama kali didirikan pada tahun 2001, masih berbentuk program studi yang setara dengan fakultas. Pada saat itu organisasi kemahasiswaan yang bersifat eksekutif disebut dengan Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM PS. IKM Unud). Namun pada tahun 2009 PS. IKM mengalami perombakan menjadi program studi atau jurusan di Fakultas Kedokteran Universitas Udayana. Bergabungnya PS. IKM dengan Fakultas Kedokteran. Maka tepat pada tanggal 5 Desember 2009 dibentuklah organisasi mahasiswa yang disebut Himpunan Mahasiswa Kesehatan Masyarakat (HMKM FK Unud).

Pelapor awal sudah tentu adalah mahasiswa yang diwakilkan oleh Ketua BEM (Elfira Nacia) dan Ketua BPM (Desak) Periode 2008-2009 dan mendapat dukungan penuh dari Ketua Program Studi saat itu (dr. Partha Muliawan), Pembantu Ketua Bagian Kemahasiswaan (dr. Sutaga), dan para dosen PS. IKM Unud. Adapun tahap awal pembentukannya adalah diawali dengan pelaksanaan pemilu, pemilihan Ketua HMKM oleh seluruh mahasiswa kesehatan masyarakat PS. IKM FK Unud yang diselenggarakan oleh BPM (Badan Perwakilan Mahasiswa) PS. IKM periode 2008 – 2009. Selanjutnya diadakan Musyawarah Mahasiswa yang dihadiri oleh BPM  dan BEM sebagai tugas terakhir di penghujung kepengurusannya. Musyawarah tersebut membahas Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga (AD/ART), yang akan digunakan oleh Ketua HMKM terpilih sebagai pedoman untuk mengarahkan, menggerakkan dan menjalankan roda organisasi agar tetap pada arah dan tujuan yang benar.

HMKM merupakan organisasi eksekutif yang terbentuk dari himpunan mahasiswa Program Studi Sarjana Kesehatan Masyarakat di lingkungan Fakultas Kedokteran Universitas Udayana. HMKM sebagai organisasi tingkat program studi tentunya mengemban tugas sebagai penyalur aspirasi dan kreativitas mahasiswa di tingkat Program Studi Sarjana Kesehatan Masyarakat.