Struktur organisasi HMKM terdiri dari tujuh bidang yang masing-masing dipimpin oleh seorang kepala bidang dengan dukungan sekretaris bidang. Setiap bidang memiliki anggota fungsionaris yang bertugas sesuai dengan seksi masing-masing. Untuk memastikan koordinasi berjalan efektif, Ketua HMKM menugaskan dua wakilnya untuk mengawasi dan mendukung kinerja bidang-bidang tersebut.

Wakil Ketua Internal membawahi Bidang Nalarika (Penalaran, Keilmuan, dan Kastrat), Bidang Adkesma (Advokasi dan Kesejahteraan Mahasiswa), serta Bidang Pokja (Kelompok Kerja ISMKM). Sementara itu, Wakil Eksternal bertanggung jawab atas Bidang Humikom (Hubungan Masyarakat dan Informasi Komunikasi), Bidang PSDM (Pengembangan Sumber Daya Manusia), Bidang Pengmas (Pengabdian Masyarakat), serta Bidang Kesdanus (Kewirausahaan dan Dana Usaha).

Komunikasi antara Ketua HMKM dan jajarannya dilakukan melalui garis komando, sementara hubungan koordinasi dengan Divisi Khusus, seperti DK KMPT (Divisi Khusus Komunitas Mahasiswa Peduli Bahaya Tembakau) dan DK KMP KIA (Divisi Khusus Komunitas Mahasiswa Peduli Kesehatan Ibu dan Anak), diatur secara terpisah. Selain itu, Ketua HMKM juga aktif berkoordinasi dengan penasihat organisasi, yakni Ketua HMKM dari periode sebelumnya, untuk membahas perkembangan dan mengatasi tantangan yang muncul selama kepengurusan.